El templo cuenta con una torre del homenaje del siglo XVII en el ángulo noroeste y dos portadas renacentistas: la principal y la de los Perdones, construidas entre 1550 y 1573 por Juan de Orea. También destacan la sacristía, renacentista, el trascoro, el altar mayor y las capillas de San Indalecio y del Cristo de la Escucha, que alberga el sepu